Cách cài đặt OpenMRS (Hệ thống hồ sơ y tế mở) trên Debian 11

[theanh]

OpenMRS là viết tắt của "Open Medical Record System", là hệ thống lưu trữ và truy xuất hồ sơ y tế điện tử (EMR) miễn phí, mã nguồn mở và hiệu quả. Hệ thống này được sử dụng để điều trị cho hàng triệu bệnh nhân HIV/AIDS và bệnh lao (TB) ở các nước đang phát triển. Mục tiêu chính của hệ thống là phát triển phần mềm để cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe ở các nước đang phát triển. Hệ thống này cho phép trao đổi dữ liệu bệnh nhân với các hệ thống thông tin y tế khác. Hệ thống được viết bằng Java và cung cấp bảng điều khiển web thân thiện với người dùng để quản lý hồ sơ y tế điện tử thông qua trình duyệt web.

Trong bài đăng này, chúng tôi sẽ chỉ cho bạn cách cài đặt OpenMRS Medical Record System trên Debian 11.

Điều kiện tiên quyết​

• Máy chủ chạy Debian 11.
• Mật khẩu gốc được cấu hình trên máy chủ.

Cài đặt Java 8​

OpenMRS là ứng dụng dựa trên Java và chỉ hỗ trợ Java phiên bản 8. Vì vậy, bạn sẽ cần cài đặt Java 8 trên máy chủ của mình. Theo mặc định, Java 8 không có trong kho lưu trữ mặc định của Debian 11. Vì vậy, bạn sẽ cần tải xuống và cài đặt nó từ trang web chính thức của họ.

Trước tiên, tạo một thư mục cho Java bằng lệnh sau:

mkdir -p /usr/lib/jvm/

Tiếp theo, giải nén tệp nguồn Java đã tải xuống bằng lệnh sau lệnh:

tar -zxvf jdk-8u281-linux-x64.tar.gz -C /usr/lib/jvm/

Tiếp theo, cài đặt Java 8 bằng lệnh sau:

update-alternatives --install /usr/bin/java java /usr/lib/jvm/jdk1.8.*/bin/java 1

Sau khi Java được cài đặt, hãy xác minh phiên bản Java bằng lệnh sau lệnh:

java -version

Bạn sẽ nhận được kết quả sau:

java version "1.8.0_281"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_281-b09)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.281-b09, mixed mode)

Cài đặt MySQL Server 5.6​

OpenMRS chỉ hỗ trợ MySQL phiên bản 5.6. Theo mặc định, MySQL 5.6 không có trong kho lưu trữ mặc định của Debian 11. Vì vậy, bạn sẽ cần cài đặt nó từ nguồn.

Đầu tiên, tạo người dùng và nhóm cho MySQL bằng lệnh sau:

groupadd mysql
useradd -g mysql mysql

Tiếp theo, tải xuống nguồn MySQL 5.6 bằng lệnh sau:

wget https://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Sau khi tải xuống MySQL, hãy giải nén bằng lệnh sau lệnh:

tar -xvf mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64.tar.gz

Tiếp theo, di chuyển thư mục đã giải nén đến /usr/local bằng lệnh sau:

mv mysql-5.6.46-linux-glibc2.12-x86_64 /usr/local/mysql

Tiếp theo, điều hướng đến thư mục /usr/local và thiết lập quyền sở hữu phù hợp bằng lệnh sau lệnh:

cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql *

Tiếp theo, cài đặt các phụ thuộc cần thiết bằng lệnh sau:

apt-get install libaio1 libncurses5 libnuma-dev -y

Tiếp theo, cài đặt MySQL bằng lệnh sau lệnh:

scripts/mysql_install_db --user=mysql

Bạn sẽ nhận được kết quả sau:

You can start the MySQL daemon with: cd . ; ./bin/mysqld_safe &
You can test the MySQL daemon with mysql-test-run.pl cd mysql-test ; perl mysql-test-run.pl
Please report any problems at http://bugs.mysql.com/
The latest information about MySQL is available on the web at http://www.mysql.com
Support MySQL by buying support/licenses at http://shop.mysql.com
New default config file was created as ./my.cnf and
will be used by default by the server when you start it.
You may edit this file to change server settings

Tiếp theo, thiết lập quyền sở hữu thích hợp cho thư mục và dữ liệu MySQL thư mục:

chown -R root .
chown -R mysql data

Tiếp theo, sao chép tệp cấu hình MySQL và tệp dịch vụ:

cp support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql.server

Tiếp theo, khởi động dịch vụ MySQL ở chế độ an toàn chế độ:

bin/mysqld_safe --user=mysql &

Tiếp theo, đặt mật khẩu gốc MySQL bằng lệnh sau:

bin/mysqladmin -u root password newpassword

Tiếp theo, tạo liên kết tượng trưng của tệp nhị phân mysql bằng lệnh sau lệnh:

ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/local/bin/mysql

Cuối cùng, khởi động lại máy chủ của bạn bằng lệnh sau:

reboot

Sau khi hệ thống khởi động lại, hãy khởi động dịch vụ MySQL và cho phép dịch vụ này khởi động tại hệ thống khởi động lại:

/etc/init.d/mysql.server start
update-rc.d -f mysql.server defaults

Bạn cũng có thể kiểm tra trạng thái của dịch vụ MySQL bằng lệnh sau:

/etc/init.d/mysql.server status

Bạn sẽ nhận được kết quả đầu ra sau:

? mysql.server.service - LSB: start and stop MySQL Loaded: loaded (/etc/init.d/mysql.server; generated) Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:35:35 UTC; 5s ago Docs: man:systemd-sysv-generator(8) Process: 415 ExecStart=/etc/init.d/mysql.server start (code=exited, status=0/SUCCESS) Tasks: 22 (limit: 4679) Memory: 460.5M CPU: 826ms CGroup: /system.slice/mysql.server.service ??422 /bin/sh /usr/local/mysql/bin/mysqld_safe --datadir=/usr/local/mysql/data --pid-file=/usr/local/mysql/data/debian11.pid ??530 /usr/local/mysql/bin/mysqld --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --plugin-dir=/usr/local/mysql/lib/p…
Mar 25 14:35:34 debian11 systemd[1]: Starting LSB: start and stop MySQL...
Mar 25 14:35:34 debian11 mysql.server[415]: Starting MySQL
Mar 25 14:35:35 debian11 mysql.server[415]: ..
Mar 25 14:35:35 debian11 systemd[1]: Started LSB: start and stop MySQL.

Sau khi hoàn tất, bạn có thể tiến hành bước tiếp theo.

Cài đặt Tomcat 7​

Tiếp theo, bạn sẽ cần cài đặt Tomcat để triển khai OpenMRS.

Đầu tiên, tạo người dùng và nhóm cho Tomcat bằng lệnh sau:

groupadd tomcat
useradd -s /bin/false -g tomcat -d /opt/tomcat tomcat

Tiếp theo, tải xuống Tomcat 7 bằng lệnh sau:

wget https://archive.apache.org/dist/tomcat/tomcat-7/v7.0.109/bin/apache-tomcat-7.0.109.tar.gz

Tiếp theo, tạo thư mục cho Tomcat và giải nén tệp đã tải xuống vào /opt/tomcat thư mục:

mkdir /opt/tomcat
tar -xvzf apache-tomcat-7.0.109.tar.gz -C /opt/tomcat/ --strip-components=1

Tiếp theo, điều hướng đến thư mục /opt/tomcat và thiết lập quyền và quyền sở hữu phù hợp:

cd /opt/tomcat
chgrp -R tomcat /opt/tomcat
chmod -R g+r conf
chmod g+x conf
chown -R tomcat webapps/ work/ temp/ logs/

Sau khi hoàn tất, bạn có thể tiến hành bước tiếp theo.

Tạo Tệp Dịch vụ Systemd cho Tomcat​

Tiếp theo, bạn sẽ cần tạo một tệp dịch vụ systemd để quản lý dịch vụ Tomcat. Bạn có thể tạo tệp này bằng lệnh sau:

nano /etc/systemd/system/tomcat.service

Thêm các dòng sau:

[Unit]
Description=Apache Tomcat Web Application Container
After=network.target
[Service]
Type=forking
Environment=JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281
Environment=CATALINA_PID=/opt/tomcat/temp/tomcat.pid
Environment=CATALINA_HOME=/opt/tomcat
Environment=CATALINA_BASE=/opt/tomcat
Environment=’CATALINA_OPTS=-Xms512M -Xmx1024M -server -XX:+UseParallelGC’
ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh
ExecStop=/opt/tomcat/bin/shutdown.sh
User=tomcat
Group=tomcat
UMask=0007
RestartSec=10
Restart=always
[Install]
WantedBy=multi-user.target

Lưu và đóng tệp, sau đó tải lại daemon systemd để áp dụng thay đổi:

systemctl daemon-reload

Tiếp theo, khởi động dịch vụ Tomcat bằng lệnh sau:

systemctl start tomcat

Bây giờ bạn có thể kiểm tra trạng thái của dịch vụ Tomcat bằng lệnh sau lệnh:

systemctl status tomcat

Bạn sẽ nhận được kết quả sau:

? tomcat.service - Apache Tomcat Web Application Container Loaded: loaded (/etc/systemd/system/tomcat.service; disabled; vendor preset: enabled) Active: active (running) since Fri 2022-03-25 14:38:45 UTC; 5s ago Process: 648 ExecStart=/opt/tomcat/bin/startup.sh (code=exited, status=0/SUCCESS) Main PID: 655 (java) Tasks: 28 (limit: 4679) Memory: 136.3M CPU: 4.124s CGroup: /system.slice/tomcat.service ??655 /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_281/bin/java -Djava.util.logging.config.file=/opt/tomcat/conf/logging.properties -Djava.util.logging>
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Starting Apache Tomcat Web Application Container...
Mar 25 14:38:45 debian11 startup.sh[648]: Tomcat started.
Mar 25 14:38:45 debian11 systemd[1]: Started Apache Tomcat Web Application Container.

Lúc này, Tomcat đã được khởi động và lắng nghe trên cổng 8080.

Cài đặt OpenMRS​

Trước tiên, hãy tạo một thư mục cho OpenMRS và thiết lập quyền sở hữu phù hợp với các mục sau lệnh:

mkdir /var/lib/OpenMRS
chown -R tomcat:tomcat /var/lib/OpenMRS

Tiếp theo, tải xuống phiên bản mới nhất của OpenMRS bằng lệnh sau:

wget https://sourceforge.net/projects/openmrs/files/releases/OpenMRS_Platform_2.5.0/openmrs.war

Sau khi tải xuống hoàn tất, hãy sao chép tệp đã tải xuống vào ứng dụng web Tomcat thư mục:

cp openmrs.war /opt/tomcat/webapps/

Tiếp theo, thay đổi quyền sở hữu tệp openmrs.war thành tomcat:

chown -R tomcat:tomcat /opt/tomcat/webapps/openmrs.war

Sau khi hoàn tất, bạn có thể tiến hành bước tiếp theo.

Truy cập Trình hướng dẫn cài đặt OpenMRS​

Bây giờ, hãy mở trình duyệt web và truy cập trình hướng dẫn cài đặt web OpenMRS bằng URL

http://your-server-ip:8080/openmrs

. Bạn sẽ thấy màn hình lựa chọn ngôn ngữ của OpenMRS:


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22325%22%3E%3C/svg%3E


Chọn ngôn ngữ của bạn và nhấp vào nút =>. Bạn sẽ thấy màn hình Loại cài đặt.


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22337%22%3E%3C/svg%3E


Chọn loại cài đặt bạn muốn và nhấp vào nút =>. Bạn sẽ thấy màn hình sau:


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22331%22%3E%3C/svg%3E


Cung cấp mật khẩu gốc MySQL của bạn, ghi lại mật khẩu quản trị viên và nhấp vào nút =>. Bạn sẽ thấy màn hình sau:


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22361%22%3E%3C/svg%3E



data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22251%22%3E%3C/svg%3E


Nhấp vào nút => để tạo cơ sở dữ liệu cho OpenMRS và hoàn tất quá trình cài đặt.

Bây giờ, mở trình duyệt web của bạn và truy cập vào giao diện quản trị OpenMRS bằng URL

http://your-server-ip:8080/openmrs

. Bạn sẽ thấy màn hình đăng nhập OpenMRS:


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22457%22%3E%3C/svg%3E


Cung cấp tên người dùng mặc định là admin và mật khẩu là Admin123, sau đó nhấp vào nút ĐĂNG NHẬP. Bạn sẽ thấy bảng điều khiển OpenMRS trên màn hình sau:


data:image/svg+xml,%3Csvg%20xmlns=%22http://www.w3.org/2000/svg%22%20width=%22750%22%20height=%22447%22%3E%3C/svg%3E

Kết luận​

Xin chúc mừng! bạn đã cài đặt thành công OpenMRS trên Debian 11. Bây giờ bạn có thể dễ dàng lưu trữ và quản lý hồ sơ y tế điện tử thông qua trình duyệt web. Hãy thoải mái hỏi tôi nếu bạn có bất kỳ câu hỏi nào.